Dans la pratique, les scientifiques étudient surtout les peuplements. Ceux-ci représentent, soit l'ensemble des espèces qui remplissent les mêmes fonctions écologiques, soit le groupement d'espèces apparantées. Lors d'une étude de population, 2 coéfficients sont attribués:
Ces 2 coéfficients identifient ainsi les espèces d'un biocénose:
Les biocénoses sont souvent nommées en fonction de l'espèces caractéristiques ou du types de substrat (est une base matérielle, un support, un socle si ce n'est un terreau qui permet de recevoir un quelconque élément organique, pour lui assurer pérennité ou développement). Chaque espèce marine, végétale ou animale, a des exigences et des tolérances déternimées à l'égard des facteurs ambiants, abiotiques: température, salinité, agitation du milieu, éclairement, pression hydrostatique, nature du substrat (pour les benthiques seulement) ...
La biocénose ne peut se réduire à la seule étude de la population, car les milieux physique et chimique jouent un rôle important dans la biologie des espèces mais aussi dans la structure et la dynamique des biocénoses. L'ensemble de ces facteurs dit abiotiques forme le biotope.
les facteurs abiotiques représentent l'ensemble des facteurs physico-chimiques d'un écosystème influençant sur une biocénose donnée. C'est l'action du non-vivant sur le vivant. Bien qu'ils soient impossibles à lister de façon exhaustive, on peut les classer en plusieurs catégories :
Il existe bien sur une interaction continue entre la biocénose et le biotope. L'ensemble de ces facteurs biotiques et abiotiques forme l'écosystème.
Photophiles (qui aime la lumiére): Organismes qui exigent ou supportent un éclairement important.
Faciés: Décrire un végétal, un animal ou plus généralement un écosystème.
Quant la profondeur augmente, les peuplements plantoniques et benthiques deviennent plus rare, tant en espèces qu'en individus. Cette diminution est importante à partir de 6000-7000m.
Benthos :ensemble des organismes aquatiques (marins ou dulcicoles) vivant à proximité du fond des mers et océans, des lacs et cours d'eau. La distance du rivage a une grande influence. Plus on s'éloigne des côtes, plus le benthos profond est pauvre. C'est le milieu proche du substrat qu'il soit horizontal (comme le fond) ou plus ou moins vertical comme une paroi. On y trouve des espèces fixées (sessiles) comme les gorgones et d'autres qui peuvent se déplacer (vagiles) en rampant (vers plats, etc...) en nageant ou en marchant (langoustes, etc ...). On parle du nilieu benthique
Penthos (haute mer):(constitué du plancton et du necton) pour désigner l'ensemble des organismes qui occupent la tranche d'eau supérieure, du fond à la surface. Le milieu pélagique est le milieu de la pleine mer ou les espèces ne peuvent pas se poser ni se fixer. Ces espèces se composent du necton et du plancton.
Necton : ensemble d'organismes marins dont la capacité de nage est telle qu'il peut se déplacer contre les courants (poissons, quelques crustacés, les céphalopodes, et les mammifères marins).
Necto-benthiques: espèces capables de se déplacer en pleine eau mais restant liées au fond (crevettes grises, seiche, poulpe, etc ...)
Plancton :ensemble des organismes vivant dans les eaux douces, saumâtres et salées, le plus souvent en suspension et apparemment passivement